Jésus a parlé du baptême comme d'une seconde naissance (régénération) en disant : "En vérité, en vérité, je vous le dis, si quelqu'un ne naît d'eau et d'Esprit, il ne peut entrer dans le royaume de Dieu" (Jean 3:5). Et saint Paul nous dit que cette nouvelle naissance par le baptême est salvatrice, affirmant que Dieu "nous a sauvés, non pas en raison d'actes accomplis par nous dans la justice, mais en vertu de sa propre miséricorde, par le lavage de la régénération et le renouvellement dans l'Esprit Saint" (Tite 3:5). Et encore dans 1 Pierre 3:21 : "Le baptême [...] vous sauve maintenant, non comme une élimination de la saleté du corps, mais comme un appel à Dieu pour une conscience claire, par la résurrection de Jésus-Christ".

Ce lavage de régénération (re-naissance) par les eaux du baptême a été institué par le Christ comme instrument de salut. Dieu a également utilisé l'eau comme instrument de salut pour les huit personnes à bord de l'arche de Noé (1 Pierre 3:20-21).

Saint Thomas d'Aquin explique :

Il convenait que les remèdes du salut soient appliqués aux hommes par l'intermédiaire des choses visibles elles-mêmes.

En ce qui concerne la génération spirituelle qui a lieu dans le baptême, il faut considérer que la génération d'une chose vivante est une sorte de changement de la non-vivance à la vie. Or, à l'origine, l'homme a été privé de la vie spirituelle par le péché originel et, aujourd'hui encore, chaque péché, quel qu'il soit, qui s'ajoute à lui, l'éloigne de la vie. Le baptême, qui est la génération spirituelle, devait donc avoir le pouvoir d'enlever à la fois le péché originel et tous les péchés commis.

Or, comme le signe sensible d'un sacrement doit être en harmonie avec la représentation de son effet spirituel, et comme la purification des souillures corporelles se fait plus facilement et plus communément par l'eau, le baptême est donc convenablement conféré dans l'eau rendue sainte par le Verbe de Dieu" (Saint Thomas d'Aquin-sur la vérité de la foi catholique Summa Contra Gentiles Livre quatre : Le salut, p. 250).